Stanisława Kostki w Warszawie ostatnią mszę świętą odprawił 19 października 1984 roku w Kościele świętych Polskich Braci Męczenników w Bygoszczy. Wygłosił kazanie "Zło dobrem zwyciężaj".
Proboszcz parafii świętego Stanisława Kostki, ksiądz Zdzisław Malacki podkreśla, ze wielkie zło, jakim było zamordowanie ksiedza Popiełuszki zrodziło wielkie dobro. Ksiądz Malacki w rozmowie z IAR przypomniał słowa mecenasa Edwarda Wende, oskarżyciela posiłkowego w procesie zabójców księdza Jerzego. Rozpoczynając mowę końcową podkreślał on, że " dramat tej śmierci jest już za nami, księdzu Jerzemu nie grozi już nic", zaznaczając, że choć zabójstwo udało się oskarżonym, celu nie osiągnęli - z zamierzonego zła nie powstaje zło, ale wielkie niezamierzone dobro. Ksiądz Malacki, odnosząc się do tych słów, podkreślił, że czas , który minął od dramatycznych wydarzeń udowadnia, że za sprawą śmierci księga Jerego rozlewa się tyle dobra, dobra, "które Bóg rodzi z grobu męczennika".
Od kilku lat trwa proces beatyfikacyjny księdza Popiełuszki. Ksiądz Jerzy Popiełuszko "jest patronem naszej obecności w Europie za cenę ofiary z życia" - powiedział papież Jan Paweł II w homilii wygłoszonej 7 czerwca 1997 r. we Włocławku.
W warszawskim kościele od wezwaniem św. Stanisława Kostki o godzinie 18.00 zostanie odprawiona msza święta w intencji księdza Popiełuszki.
