Poseł Ryszard Kalisz z klubu parlamentarnego Lewica przedstawił wiele zarzutów pod adresem ustawy. Według niego, nie można wyłączyć wojskowych służb ze struktur wojskowych. Ponadto bardzo negatywnie odniósł się do samej Komisji Weryfikacyjnej WSI, która, jego zdaniem, pozbawia funkcjonariuszy WSI podstawowych praw obywatelskich.
Wnioskodawca poseł Janusz Zemke zwrócił uwagę, że proces weryfikacji budzi również wątpliwości samych żołnierzy, którzy nie tylko nie mogą się jej doczekać, ale nie mają pojęcia, jak się do niej ustosunkować. Zemke zwrócił uwagę, że informacja o wyniku weryfikacji przedstawiana jest żołnierzom w formie jednego zdania, bez uzasadnienia. Weryfikowani nie mają też możliwości odwołania się od decyzji komisji - mówił poseł Zemke.
Jerzy Kozdroń reprezentujący przed Trybunałem Sejm przyznał, że również w jego opinii proces weryfikacji jest niezgodny z konstytucją. Zdaniem Kozdronia, komisja zmuszając żołnierzy do składania oświadczeń pozbawia ich prawa do rzetelnego procesu i zmusza do samooskarżania.
Z argumentacją wnioskodawców nie zgadza się prokurator Wiesław Nocuń. Uważa on, że do oświadczeń składanych przez żołnierzy nie stosują się postanowienia Kodeksu Karnego. Nocuń wyjaśnia, że zakaz samooskarżania dotyczy tylko spraw karnych.
Ustawa o likwidacji Wojskowych Służb Informacyjnych weszła w życie w 2006 roku. Wówczas rozpoczęto weryfikację funkcjonariuszy byłych WSI, którzy mieli pracować w nowo utworzonych Służbie Wywiadu Wojskowego i Służbie Kontrwywiadu Wojskowego. Jednak do tej pory ponad trzystu funkcjonariuszy pozostało niezweryfikowanych.
Ustawie likwidacyjnej zarzucano niezgodność z konstytucją. Jednocześnie podnoszono, iż proces likwidacji WSI zdekonspirował nasz wywiad i obniżył bezpieczeństwo kraju.