Prokuratura Rejonowa w Rzeszowie postawiła mu siedem zarzutów, które potwierdzili świadkowie i dokumenty. Dwa dotyczą płatnej protekcji. Zdaniem prokuratury, powołując się na wpływy w innych uczelniach, rektor obiecywał pomoc w przyjęciu na studia lub otwarciu przewodu doktorskiego. Miał za to dostać 20 i pół tysiaca złotych
Pięć zarzutów dotyczy żądania i przyjmowania w latach 2001-2004 korzyści majątkowych od studentów i pracowników uczelni w wysokości ponad 33 tysięcy złotych. Korzystał też z darmowego serwisu samochodowego i tzw. usług osobistych. Miały to być gratyfikacje, między innymi za zamkniecie przewodu doktorskiego, zaliczenie egzaminu bez zdawania, przyjęcie na studia bez matury i przyjęcie do pracy na uczelni.
Prokuratura w Przeworsku oskarża byłego rektora o zagarnięcie z kasy uczelni 230 tysięcy złotych i groźby karalne wobec dziennikarki.
Dzisiaj minister edukacji ujawnił, że Antoni J. przywłaszczył prawdopodobnie 5 milionow złotych przeznaczonych na stypendia.