Jedyny problem może być wtedy, jeżeli Ty sobie ten
Vat odliczyłeś, a kontrahent nie miał uprawnień do wystawiania faktury (w momencie wykonania usługi nie był VATowcem).
Jeżeli był
Vat-owcem, poprawnie wystawił fakturę, a ty ją opłaciłeś to wg mnie jesteś czysty.
Chyba że coś się zmieniło w ostatnich 3 latach w przepisach
VAT (wtedy odszedłem z pracy z Urzędu Skarbowego :P)