"Zlecenie wykonania sklepu na indywidualne zamówienie jest nieopłacalne"

to chyba nie do końca prawda, ponieważ jeśli jakaś firma robi sklepy od X lat to ma już gotowy program, którego nie musi robić od zera, cena wtedy nie jest taka duża, a większość ceny którą płaci klient idzie na stworzenie grafiki i jej implementacje a nie na oprogramowanie.

A co darmowych skryptów to presta lub magento jest teraz na topie.

Są też darmowe systemy sklepowe tzn, że skrypt jak i hosting masz za darmo takie coś oferuje np. http://freecart.pl