Nie zawsze, nie za każdy.
Tu obszerne omówienie z przywołaniem orzecznictwa chroniącego pracownika przed stosowaniem automatyzmu ponoszenia kosztów każdej kradzieży:

http://msp.money.pl/wiadomosci/kadry/artykul/odpowiedzialnosc;materialna;za;mienie;powierzone,169,0,137385.html