Dzień dobry,
co do zasady pracodawca powinien uwzględnić złożone oświadczenie przez pracownika o chęci skorzystania z ulgi od PIT dla młodych najpóźniej od miesiąca następującego po złożeniu oświadczenia. W przypadku gdy pracodawca tego nie zrobi, Urząd Skarbowy zwróci nadwyżkę wpłaconych zaliczek na poczet podatku dochodowego, w rozliczeniu rocznym. Tak więc nie będzie Pani stratna.
Więcej na temat ulgi można znaleźć np. w artykule: https://poradnikprzedsiebiorcy.pl/-kiedy-stosowac-zwolnienie-z-pit-dla-mlodych

Sytuacja prezentuje się inaczej gdy na umowie, czy to o pracę czy zlecenie, została ustalona wysokość wynagrodzenia w kwocie netto. W takim przypadku Pracownik nie zyskuje na uldze PIT dla młodych - ponieważ kwota netto ustalona w umowie jest niezmienna. Taka sytuacja będzie korzyścią tylko dla przedsiębiorcy, który nie będzie musiał odprowadzać zaliczek na podatek dochodowy pracownika.