1. Płacić, bo machina US ruszyła, a z ustawy o PIT w brzmieniu z lata 2007-2008 jasno wynika, że ulga meldunkowa nie dotyczy całej nieruchomości, tylko mieszkania- a więc bez ułamkowego udziału w gruncie (konkretnie w art. 21 ust. 1 pkt 126 ustawy). I w sumie jestem pozytywnie zaskoczony tym, że US nie widzi Waszej winy i nie ma odsetek.
2. Oszacować ułamkową ( podany jest w akcie ) wartość gruntu w czasie sprzedaży. Niedoszacowanie może spowodować wezwanie z US do podwyższenia tej wartości. Przy Waszej odmowie US może powołać rzeczoznawcę. Jeśli jego wycena będzie się różnić o więcej niż 33% od Waszej- pokryjecie koszty rzeczoznawcy i oczywiście podatek będzie naliczony od wartości przez niego ustalonej. O ile wielkości działki nie ma w akcie- tzreba sprawdzić w Księdze Wieczystej
3. Nie zmienia to ważności aktu i kwot w nim zapisanych. To jest kwestia pewnej szczególnej ulgi w podatku dochodowym, która obejmuje tylko część nieruchomości.

I jeszcze "poetyckie" wyjaśnienie z netu:
"Ustawodawca, konstruując przesłanki uprawniające do skorzystania z omawianej ulgi, nie użył w ww. przepisie sformułowania „nieruchomość”, a posłużył się katalogiem rzeczy i praw (posiadającym walor katalogu zamkniętego), których sprzedaż objęta jest przedmiotowym zwolnieniem. Gdyby zamiarem ustawodawcy było zwolnienia przychodu ze zbycia nieruchomości, a więc gruntu wraz z położonym na nim budynkiem, to dałby temu wyraz w treści przepisu. Skoro jednak ustawodawca nie posługuje się w art. 21 ust. 1 pkt 126 lit. b) ustawy pojęciem „nieruchomość” lecz wyłącznie „lokal mieszkalny”, to nie ma żadnych podstaw aby określone tym przepisem zwolnienie rozciągać również na grunt. Jeśli zaś przepis nie przewiduje zwolnienia z opodatkowania gruntu, to przychód w części przypadającej na grunt podlega opodatkowaniu.

Wobec powyższego przychód uzyskany ze zbycia gruntu, udziału w gruncie lub prawa wieczystego użytkowania gruntu lub udziału w takim prawie związanego ze zbywanym prawem do lokalu mieszkalnego podlega opodatkowaniu na zasadach określonych w art. 30e ww. ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych"