Mylisz chyba tzw. kwotę wolną od podatku, która jest jednakowa dla każdego podatnika PIT (dotyczy dochodów opodatkowanych wg. skali) ze zwolnieniem części stypendiów z PIT, a więc tym, że ich część nie wejdzie w ogóle do dochodu.
Na moje oko z regulaminu stypendium nie wynika, żeby korzystało ono z jakiegoś zwolnienia ( art. 21, ust. 1, pkt. 39, 40 i 40 a ustawy o PIT ). Zatem cała ich wartość wypłacona w roku podatkowym wchodzi do przychodu. To zresztą wynika pewnie z uzyskanego od PLK-i czyli Fundatora.
No chyba, że chodzi Ci o to, czy w zaliczce miesięcznej Fundator miał uwzględniać miesięczną kwotę zmniejszającą podatek (46,33 zł) czy nie.