Trybunał orzekł, że ich proces był niesprawiedliwy. Nie znalazł jednak jednoznacznych dowodów na polityczną motywację oskarżenia, choć przyznał, że szereg okoliczności pośrednio wskazuje na istnienie niejawnych motywów politycznych. Zgodził się też, że niektóre rosyjskie osobistości miały prywatny interes w tym, żeby popierać ściganie karne obu biznesmenów. Jednocześnie ETPCz uznał, że oskarżenia o minimalizowanie podatków Jukosu za pośrednictwem firm rejestrowanych w specjalnych strefach podatkowych były poważne i oparte na podstawach prawnych. Nie potwierdził wybiórczego użycia wymiaru sprawiedliwości wobec obu wnioskodawców, nie dopatrzył się też stronniczości w działaniach prowadzącej sprawę sędzi.
Trybunał orzekł jednak, że naruszone zostało prawo Chodorkowskiego i Lebiediewa do sprawiedliwego procesu, wskazując na złamanie tajemnicy adwokackiej (kontrola sądu i organów ścigania nad kontaktami między oskarżonymi a adwokatami), odmowę rozpatrzenia dowodów dostarczonych przez obronę, w tym raportów firm audytorskich, odmowę wysłuchania kluczowych ekspertów jako świadków obrony.
ETPCz uznał też za złamanie praw obu wnioskodawców bezpodstawne przetrzymywanie ich w areszcie śledczym, umieszczenie ich na sali sądowej w metalowej klatce, odwlekanie rozpatrzenia skargi apelacyjnej, niezgodne z rosyjskim prawem umieszczenie Chodorkowskiego i Lebiediewa po wyroku w koloniach karnych odległych o tysiące kilometrów od Moskwy i ich rodzin, a także wywieranie presji na adwokatów w celu utrudnienia im złożenia skargi do ETPCz.
Za naruszenie Trybunał uznał również zobowiązanie Chodorkowskiego do zapłacenia państwu 17 mld rubli (ponad 510 mln euro) tytułem podatków niedopłaconych przez spółkę Jukos.
ETPCz zasądził dla Chodorkowskiego odszkodowanie za straty moralne w żądanej przez niego wysokości 10 tys. euro. Wniosek Lebiediewa o 6,8 mln euro tytułem rekompensaty za utracone dochody Trybunał oddalił.
Rosyjskie Ministerstwo Sprawiedliwości potwierdziło, że werdykt ETPCz może stać się podstawą do rewizji procesu Chodorkowskiego i Lebiediewa.

nowe standardy - kolonia karna tez oki