Mechanizm rozliczania podatku jest tutaj analogiczny jak przy nabyciu nowych środków transportu. Nabycie samochodu używanego przez polskiego podatnika podatku od towarów i usług (nie będącego nowym środkiem transportu) dla celów prowadzonej działalności gospodarczej od podatnika VAT z innego państwa członkowskiego po przystąpieniu Polski do UE, będzie uważane za wewnątrzwspólnotowe nabycie towaru i będzie podlegało opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług zgodnie z ogólną zasadą dla tego typu transakcji .

Towary dostarczane pomiędzy podatnikami zarejestrowanymi dla celów VAT (np. przez podatnika z innego państwa członkowskiego do podatnika w Polsce), będą opodatkowane stawką 0% w kraju wysyłki (rozpoczęcia transportu) jako wewnątrzwspólnotowa dostawa, zaś podatek należny opłacany będzie przez nabywcę towarów w kraju, do którego towary te przybędą, według stawki obowiązującej w kraju nabycia (wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów).

Polski podatnik, nabywający używany samochód od podatnika VAT w innym państwie członkowskim Unii (chodzi tutaj o samochód inny niż nowy środek transportu), będzie rozliczał podatek VAT wg stawki obowiązującej w Polsce, tj. co do zasady według stawki 22% w składanej w Polsce deklaracji podatkowej.

W przypadku wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów (w tym samochodów używanych) obowiązek podatkowy powstaje 15 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym dokonano dostawy towaru będącego przedmiotem nabycia.

Jeżeli przed tym terminem podatnik otrzymał fakturę wystawioną przez podatnika podatku od wartości dodanej, to obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury. Obowiązki dokumentacyjne z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia używanych środków transportu są analogiczne jak przy nabyciu nowych środków transportu.