Problem związanym z rozliczaniem elektronicznym jak i innym uslugami prowadzonymi w tej formie związany jest z tzw. podpisem elektronicznym, a nie jest to usługa tania.
Może przypomnę:
"Koszt podpisu kwalifikowanego jest znacznie wyższy, przede wszystkim dlatego że nie może go składać byle program. Składa się na niego początkowa inwestycja jaką jest zakup czytnika kart, karty czipowej, oprogramowania do składania podpisu oraz koszt wystawienia samego certyfikatu. Przedsiębiorcy chcący np. zacząć wystawiać faktury zgodne z rozporządzeniem powinni się przygotować na początkowy wydatek rzędu 700 do 900 zł brutto, w zależności od firmy. Coroczne odnowienie certyfikatu kwalifikowanego kosztuje od 115 do 180 zł brutto.
Tych, którzy już się cieszą że faktury będą teraz generowane przez automat wprost z bazy danych i błyskawicznie wysyłane do klientów emailem czeka jednak rozczarowanie. Oprogramowanie dostarczane przez firmy wystawiające certyfikaty ma zwykle dość ograniczoną funkcjonalność i o szybkim wystawieniu przy jego pomocy tysiąca faktur można tylko pomarzyć. Firmy, chcące włączyć podpis kwalifikowany do własnych systemów informatycznych będą musiały dopłacić jeszcze od 5 do 18 tysięcy złotych za dostęp do dokumentacji i bibliotek programistycznych. Albo zatrudnić dodatkowego pracownika, którego głównym zadaniem będzie generowanie podpisów pod elektronicznymi fakturami za pomocą dostarczonych przez wystawcę certyfikatu narzędzi.