Benedykt XVI odwiedził Kaplicę Matki Boskiej, w której ofiarował papieski różaniec i dokonał wpisu do księgi pamiątkowej. Papież wyjaśnił, że chciał choć na chwilę zatrzymać w tej samej kaplicy i zgodnie z prośbą Jana Pawła II pomodlić się za niego. Ojciec Święty ponowił też prośbę papieża-Polaka, aby wierni modlili się za niego i za cały Kościół.
Sanktuarium kalwaryjskie było w przeszłości celem wielu pielgrzymek Karola Wojtyły także w młodych latach. W klasztorze w Kalwarii Zebrzydowskiej mieszka 25 -osobowa wspólnota franciszkańska Ojców Bernardynów.