Prokuratura oskarża Kiszczaka, że umyślnie sprowadził "powszechne niebezpieczeństwo dla życia i zdrowia ludzi". Chodzi o szyfrogram z 13 grudnia 1981 roku, w którym szef MSW dał dowódcom pozwolenie na użycie broni palnej wobec strajkujących, chociaż nie miał do tego odpowiednich uprawnień. Szyfrogram był podstawą działań dla specjalnych plutonów ZOMO, które pacyfikowały śląskie kopalnie.
Sprawa Kiszczaka została wyłączona z procesu zomowców strzelających do górników w "Wujku" z powodu złego stanu zdrowia generała, jeszcze w 1993 roku. W 1996 rok sąd uniewinnił go. W powtórnym procesie w 2004 roku sędziowie skazali Kiszczaka na 2 lata, ale wyrok uchylił sąd apelacyjny. W trzecim procesie z 2008 roku sąd uznał, że Kiszczak działał nieumyślnie, a sprawa przedawniła się. Takiej argumentacji nie podzielała prokuratura, która odwołała się od decyzji. Odwołanie przyjął sąd apelacyjny, który uznał, że nie można mówić w przypadku Kiszczaka o nieumyślnej winie.
Od września 2008 roku trwa inny proces, w którym autorzy stanu wojennego odpowiadają za udział w zorganizowanym związku przestępczym o charakterze zbrojnym. Na ławie oskarżonych zasiadają między innymi Wojciech Jaruzelski, Stanisław Kania oraz Czesław Kiszczak. Członkom Wojskowej Rady Ocalenia Narodowego grozi po 8 lat więzienia.
