Tymczasem Zalew Wiślany odgrywa ważną rolę w gospodarce województwa warmińsko-mazurskieg. Z portów w Elblągu, Tolkmicku, Fromborku wiodły regularne wodne połączenia z obwodem kaliningradzkim.
W polskiej części Zalewu Wiślanego jest dziesięć portów i pięć przystani. Do teraz straty polskich przewoźników szacowane są na wiele milionów złotych.
Przywrócenie ruchu strona rosyjska warunkowała podpisaniem nowej umowy międzypaństwowej między Polską a Rosją, regulującej żeglugę na Morzu Bałtyckim. Trwają rozmowy w tej sprawie ze stroną rosyjską zainicjowane przez pełniącą obowiązki wojewody warmińsko-mazurskiego Annę Szyszkę.
W związku z przestojem w maju ubiegłego roku Żegluga Gdańska wycofała z Elbląga dwa swoje statki.