W ocenie Najwyższej Izby Kontroli, wszystkie trzy organy reagowały z opóźnieniem na sygnały płynące od służb kontrolnych i od społeczeństwa. Sygnały te dotyczyły szeregu nieprawidłowości powodujących znaczne straty w budżecie państwa wynikające z obrotu paliwami. Według NIK-u, ministerstwa nie tworzyły odpowiednio wcześnie skutecznych przepisów zabezpieczających zyski budżetu państwa, co prowadziło do kolejnych nadużyć.
Przykładowo, obowiązkiem podatkowym nie objęto komponentów paliwowych produkowanych w kraju oraz sprowadzanych z zagranicy. Ponadto, można było sprowadzać oleje opałowe bez obowiązku ich barwienia i znaczenia. Zwolnione z akcyzy, były wprowadzane na rynek, jako oleje napędowe. Straty powstałe w wyniku tego procederu, w badanym okresie wyniosły 300 milionów złotych.
Zastrzeżenia NIK dotyczyły także wwozu paliw do Polski w bakach. Obecnie obowiązuje zakaz wwozu do Polski większej ilości paliwa niż 200 litrów, ale przez kilka lat mimo, że do ministra finansów płynęły liczne interwencje i sygnały, nie reagował on na brak ograniczenia i nie wprowadził odpowiednich przepisów. W związku z tym, wwożone ze wschodu paliwo sprzedawano na rynku. Tu budżet poniósł straty w wysokości 660 milionów złotych.
Najwyższa Izba Kontroli oceniła natomiast pozytywnie kontrole prowadzone przez służby podległe resortom, które ujawniają nadużycia w obrocie paliwami.