Prokuratura przyznała w końcowym wystąpieniu, że zebrane dowody nie pozwalają na przyjęcie, że Ciastoń jest winny kierowania zabójstwem księdza Jerzego Popiełuszki. Zdaniem prokuratury oskarżony powinien być jednak skazany za pomocnictwo w tej zbrodni i podżeganie do niej.
Według prokuratury, 19 października 1984 roku trzej oficerowie IV Departamentu Ministerstwa Spraw Wewnętrznych za przyzwoleniem Ciastonia porwali i zamordowali księdza Jerzego Popiełuszkę, kapelana podziemnej "Solidarności". Bezpośrednimi sprawcami zabójstwa księdza byli Grzegorz Piotrowski, Leszek Pękala i Waldemar Chmielewski. W 1985 roku, w tak zwanym procesie toruńskim nie ujawniono jednak, kto kierował morderstwem księdza Popiełuszki.
Po przełomie w 1989 roku, między innymi na podstawie nowych zeznań Piotrowskiego, o kierowanie zbrodnią oskarżono generałów Władysława Ciastonia i Zenona Płatka. Po dwuletnim procesie, w 1994 roku, obaj generałowie zostali uniewinnieni od tego zarzutu, ale Sąd Apelacyjny uchylił wyrok i zwrócił sprawę sądowi pierwszej instancji. W 2000 roku sąd zawiesił postępowanie wobec Płatka ze względu na zły stan zdrowia. Przed sądem stanął tylko Ciastoń.
